中国科学技术大学 Linux 用户协会是由中国科学技术大学在校的 GNU/Linux 爱好者发起并组成的一个全校性群众团体。成立协会的目的在于联合科大的 GNU/Linux 使用者，搭建信息交流共享的平台，宣传自由软件的价值，提高自由软件社区文化氛围，推广自由软件在科大校园乃至合肥地区的应用。
Linux 用户协会正式成立于 2003 年，至今已经走过了十多个年头，是安徽省高校中一个以推广自由软件社区文化、宣传自由软件价值为目的的协会组织，也是中国大陆高校发展最好的 Linux/自由软件社团之一。在各届协会成员和志愿者的共同努力下，协会开展了许多有意义的活动，如 Linux 网络技术讲座、“GNU/Linux Install Party”、PMP 中的嵌入式 Linux 技术讲座、Oracle 和开源技术报告、“合肥地区开源软件竞赛”、自由软件日技术沙龙、每周小聚和多次 GNU/Linux 系统使用和编程讲座。
自 2003 年开始，协会开始维护国内知名的 Debian 镜像服务器 http://debian.ustc.edu.cn，目前在学校网络中心的支持下，该服务器和 http://oss.ustc.edu.cn整合为 http://mirrors.ustc.edu.cn，并成为 Debian, Ubuntu, Fedora, Archlinux 等多个发行版的官方源以及 Debian 在中国的官方镜像：http://ftp.cn.debian.org。利用少年班学院的退役超算，协会建立起了 freeshell 服务器，为科大师生提供了容易上手的 Linux VPS。在网络信息中心的帮助下，协会建立了 PXE 网络启动系统，使得在校内可以很快的试用和安装 Linux 系统。协会同时对图书馆的无盘查询系统进行维护。
为了表彰其出色表现，协会于 2011 年 5 月被评为中国科学技术大学优秀学生社团，于 2012 年 5 月、2013 年 5 月及 2014 年 5 月分别被评为中国科学技术大学四星级学生社团。